本學科為環境科學與環境工程的二級學科，是南京農業大學的重點學科，授予理學碩士學位。1984年在植物營養學學科開始招收農業環境保護方向碩士研究生，1993年獲得碩士學位授予權。
　　
　　主要研究方向：（1）環境過程與系統模型。研究陸地生態系統碳氮循環過程、模型及其對全球變化的響應；研究污染物（重金屬和農藥等）在土壤-植物-水體系統的遷移、轉化和積累過程及其模型。導師：黃耀教授、宗良綱教授。（2）資源環境信息系統。綜合運用計算機模型、地理信息系統（GIS）和遙感技術，研究自然過程和人類活動對區域環境和社會經濟發展的影響。導師：黃耀教授、孫涵研究員。（3）環境污染控制與生物修復。研究污染物在水體、土壤環境中存在形態、遷移轉化過程以及有毒難降解有機物在陸地生態系統中生物富集機理。重點研究重金屬（Pb、Cd、Cu、Zn等）和有機污染物在土壤-植物系統中遷移轉化規律。導師：宗良綱教授、蘭葉青教授、代靜玉副教授。（4）環境質量與食品安全。研究農業環境質量管理和評價體系，探討農業環境質量與食品安全性之間的關系以及控制環境質量變化和保障食品安全的途徑和對策。導師：宗良綱教授、林玉鎖研究員、楊永崗副研究員。（5）環境監測與評價。主要開展區域環境監測技術與環境質量評價研究。
　　
　　導師：吳以中副教授、張利民研究員。
　　
　　本學科具有相關研究方向的中、大型進口儀器設備，包括氣相色譜儀、原子吸收光譜儀、自動連續流動分析儀、土壤碳氮循環監測系統BaPS等。近年來先后承擔和完成30多項國家、省部級及國際合作項目，其中多項研究成果獲得省、部級獎勵。在國內外刊物發表科研論文150余篇，其中SCI和EI收錄40余篇，出版專著5部。