南開大學臺灣經濟研究所成立于1986年，是祖國大陸高校最早成立的涉臺學術研究機構之一，也是祖國大陸最早具有培養臺灣經濟方向碩士、博士研究生資格的高級人才培養基地。自成立以來，該所秉承南開學術自由之風，以促進海峽兩岸經貿與學術交流、推動祖國和平統一為宗旨，對臺灣經濟、兩岸經貿關系和兩岸經濟比較等領域進行了深入、系統的研究，多次承擔國家及省、部級課題，研究成果頗受海峽兩岸各界重視，成為兩岸經貿研究領域的學術重鎮，是中央有關部門的重要咨詢機構之一，并連續五次參加國共論壇，推動了兩岸關系的改善。
該所在科研、教學及對外交流等方面均取得了突出成績。在臺灣經濟及兩岸經貿關系的教學、科研方面，該所始終處于領先地位，與南開大學區域經濟研究所同屬區域經濟學科，由于科研及教學成果突出，2002年被評為國家重點學科，2004年被評為國家“985工程”哲學社會科學創新基地，并與海內外學術文化界建立了廣泛的學術交流與長期穩定的合作關系。
該所現有專、兼職研究人員近二十人，其中包括葉萬安、高輝等一批臺灣知名專家、學者。原國務院臺灣事務辦公室常務副主任、海峽交流協會副會長、海峽兩岸關系研究中心主任唐樹備先生為本所兼職教授和首席顧問。
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