吳健雄學院是東南大學優秀人才的培養基地，教學改革的試驗基地，管理改革的示范基地。
學院以世界杰出物理學家、東南大學校友吳健雄的名字命名，充分體現了我校對優秀學生的成長充滿著激勵之意，寄予著殷切希望；2004年11月著名物理學家、諾貝爾物理獎獲得者丁肇中先生被東南大學受聘擔任名譽院長，東南大學校長兼任學院院長，充分說明了我校領導對優秀人才培養工作的高度重視和關心。
學院依托我校的學科優勢和資源優勢，努力開展高層次創新人才的培養模式的探索實踐。現設有“電子信息類強化班”、“機械動力類強化班”，實施按學科大類培養的“2+2”培養模式，涵蓋了我校信息科學與工程、電子科學與工程、自動化、計算機科學與工程、生物科學與工醫學程、電氣工程、儀器科學與工程、機械工程、能源與環境等9個學科方向。2006年秋以我校建筑學和土木工程兩個強勢學科為基礎，開設了“楊廷寶班”，實施“長學制分流式”的土建類綜合創新人才的新模式，由我校建筑學院和土木工程學院共同負責學生培養及教育教學管理工作； 2007年秋新設立了“高等理工實驗班”實施“單獨招生，獨立編班，導師指導，優才優育，特殊培養”的模式，探索和實踐新的高層次創新人才培養模式和教育教學模式。
目前，學院在校學生總數550人，其中電子信息類強化班352人、機械動力類強化班104人、高等理工實驗班15人由吳健雄學院負責管理，“楊廷寶班” 兩屆79名學生的教育、教學和日常管理由我校建筑學院、土木工程學院共同負責管理。
吳健雄學院的學生勤奮好學、奮發向上，學院在校學生總體表現為綜合素質高，實踐能力強，知識、能力、素質全面發展，表現出了良好的創新潛質，得到了社會的好評。近年來，獲由團省委、省教育廳、省學聯共同主辦的2007年度“江蘇省十佳青年學生”1人，獲“江蘇省先進班集體”光榮稱號2項，獲“江蘇省優秀學生干部”光榮稱號3人，獲“東南大學十大校園驕子”榮譽稱號3人，獲校“三好生”、“三好生標兵”、“優秀團員”、“優秀學生干部”等榮譽稱號有281人次，獲得校級先進集體和優秀團支部的光榮稱號9項。獲省級以上各類學科競賽獎68項117人次，其中國際大學生數模競賽一等獎4項、二等獎4項，全國大學生電子設計大賽特等獎1項和一等獎1項，智能車大賽全國二等獎1項，全國大學生英語競賽全國特等獎1項、二等獎三等獎各1項。2005年新華日報曾報道我院9名學生獲國際數模競賽一等獎的情況。獲江蘇省本科生優秀畢業設計論文9篇，其中省一等獎5篇，二等獎4篇；獲得校級優秀畢業設計論文20余篇；學生在正式刊物上或國際性學術會議上發表學術論文或研究性文章27篇，學生申請發明專利已受理1項，已授權實用新型專利1項；
吳健雄學院還大力支持學生通過參觀訪問、交換學習和國際會議等形式走出國門進行參觀、學習和深造，開闊學生眼界，拓寬學生的知識面和綜合能力。自2004年以來，有17名學生分別赴加拿大、日本、法國、美國、德國等國家參加國際學術會議或文化交流活動，尤其是結合“雙語物理導論”課程教改實踐近三年來學院派出的8位一年級學生在國際學術會議上的表現引起了國內外專家學者的關注和贊賞?！禨cience》雜志就該課程教改實踐在2007年第5834期做了專題報導，在國內外產生了較大影響。
自少年班成立以來，吳健雄學院共為國家培養了1012名各類專業人才，為國家經濟建設、以及教育、科技、文化的發展做出了重要的貢獻。學院的畢業生發展前景廣闊，學生繼續深造的比例達80%；許多畢業生已在科技、經濟、管理等領域嶄露頭角，有的畢業生在國際一流的科研機構（如美國AT&T貝爾實驗室）從事科學研究，成為相關領域有影響力的專家；有的畢業生在國內外大公司從事新技術、新產品的開發研制的工作，為企業創造了巨大的產值利潤；有的畢業生在國內外知名大學從事學術研究和人才培養工作，被聘為“長江學者”特聘教授，成為知名的學者；有的畢業生因其在相關領域的特殊貢獻，榮獲省級先進工作者等榮譽稱號……
吳健雄學院
一方沃土讓學生汲取強勁的發展潛力；
一池碧水讓學生激起精彩的創造浪花；
一片藍天讓學生發揮杰出的特色才能；
一個品牌讓學生與學校引以自豪。
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