中國醫學科學院基礎醫學研究所、北京協和醫學院基礎學院（以下簡稱所院）成立于1978年，其前身為1958年成立的中國醫學科學院實驗醫學研究所和1921年建立的北京協和醫學院基礎醫學系。所（院）現有中國科學院院士3人，中國工程院院士2人，長江學者特聘教授4名，國家杰出青年基金獲得者10名，正副教授93名。所（院）以學科建設為基礎，重視科研發展與人才培養?，F有14個學系和一個對國內外開放的醫學分子生物學國家重點實驗室，承擔著科研和教學兩大任務。

　　在科研方面，重點強調疾病相關基因的功能基因組、基因表達調控、蛋白質組學、分子免疫以及醫學遺傳等方面的基礎研究以及與臨床相結合的轉化醫學研究。試圖從分子、細胞、組織、器官到整體水平，從基礎到臨床，以系統整合生物學的思維方式及可能的方法，探討疾病發生、發展的規律，為制定適合我國國情的重大疾病的早期預警和干預策略，以及防治方案提供科學依據。

　　目前承擔著國家重點基礎研究發展計劃（973）、重大科學研究計劃、國家高技術研究發展計劃（863）、科技支撐計劃及國家自然科學基金重大、重點、創新研究群體、杰出青年基金、教育部/外國專家局創新引智計劃等100多項國家級科研項目。“十五”以來共發表科研論文1000多篇，其中在國際著名的Nature、Nat Med、Nat Genet、PNAS、Blood、Circulation、JCI、Cancer Res、JBC、NAR、MCP、Am J Hum Genet等雜志上發表了多篇學術論文。獲得國家自然科學二等獎1項、中華醫學科技一等獎3項、二等獎1項、高等學校科學技術一、二等獎各一項、北京市科技進步一、二等獎各1項。“十五”以來到位科研經費逐年遞增。

　　教學方面承擔著北京協和醫學院八年制醫學本科生和碩、博士研究生的教學任務，是國家首批批準的博士學位和碩士學位授予單位，現有博士生導師48名，碩士生導師31名，在讀研究生400多人，并建立了基礎醫學博士后流動站。生物學（生化及分子生物學、細胞生物學、遺傳學、生物物理學）成為國家級一級重點學科；藥理學、免疫學和病理－病理生理學為國家級二級重點學科。

　　在科技部、衛生部的領導和支持下，所（院）建立了先進的實驗技術支撐條件和良好的學術環境。儀器中心擁有最先進的生命科學實驗儀器和設備，通過了“中國實驗室國家認可委員會”審查，獲得國家實驗室認可，可為在分子和細胞水平上進行一系列樣品制備、純化、分析、檢測和鑒定等實驗提供系統的技術支持?；A醫學細胞中心為國內外醫學研究提供規范的細胞株和細胞培養服務。所（院）還擁有達到SPF級的實驗動物中心。最近為進一步加強轉化醫學研究基礎所成立了組織病理中心。中國醫學科學院蛋白質組學研究中心、組織工程研究中心和納米生物醫學聯合研究中心也掛靠在所（院）。

　　所（院）具有良好的學術交流和合作基礎，在國內外享有較高的聲譽和地位，許多專家在國際、國內學術機構擔任重要職務。世界衛生組織（WHO）在所（院）設有免疫學研究合作中心和遺傳病控制中心。中國免疫學會、中國生物醫學工程學會、中國解剖學會、中國生化及分子生物學學會醫學生化專業委員會、北京生理科學會、中華醫學會醫學遺傳學會等學術機構掛靠在所（院）。《基礎醫學與臨床》雜志由所（院）與協和醫院合作承辦。

　　近年來，所（院）充分發揮人才與技術優勢，在（基因、單克隆抗體）診斷試劑、基因工程藥物、中西藥物以及高分子材料等研發方面取得突出進展，并與國內外二十余家企業建立了良好的合作關系。已申報發明專利100多項、獲得發明專利授權16項、新藥證書10項，其中用于眼角膜創傷修復和皮膚創傷修復的重組人表皮生長因子滴眼劑和凝膠分別獲得基因工程I類新藥證書。

　　所（院）以建設成為具有國際水平的醫學基礎研究機構和國內一流、世界知名的提供醫學精英教育的基礎學院為發展目標。為達到發展目標，所（院）推行民主決策，科學管理，專家治所的管理理念和管理模式，充分依靠學術委員會，教育工作委員會、開發委員會，在科研、教學工作規劃和發展目標制定，研究方向和重點研究領域確定，學科建設和組織結構調整、人才評價等重大問題上，發揮全所（院）專家和職工的積極性和集體智慧，民主、科學決策。同時注重科學高效的管理體系和管理隊伍建設，致力于構建規范的管理制度和工作程序，努力提高管理效率和水平，為發展目標的實現提供保障。所（院）將以“嚴謹、博精、創新、奉獻”的精神，為實現發展目標而努力奮斗。