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藥學系創建于1975年。1986年獲中藥學碩士學位授予權。在2006年全省47個碩士點檢查評估中，該碩士點獲總分第一。中藥學一級學科1992年被確定為省級首批重點學科，中藥生藥學為國家中醫藥管理局西部重點學科，中藥生藥實驗室為貴州省重點實驗室。目前，該系已經成為貴州省中藥科級現代化產業人才培養和研究開發的重要基地。
該系目前有教學研究室9個，科研機構3個，教學、科研實驗室4個，教學、科研儀器設備值逾1400萬元?，F有教學科研人員100余人，其中正教授22人，副教授27人；國務院和省政府特殊津貼者專家4人，省管專家2人，全國名老中藥專家師承出師4人。省部級及院級學科帶頭人3人，中青年學術骨干4人，博士生導師 2人，碩士生導師 21人。
該系部累計發表論文500余篇，主編和參編的專著、教材45部，開發成功、投產的新藥及保健藥品46個；獲省部級成果獎11項，其它獲獎9項，發明專利5項，成果轉讓5項，科研成果被采用11項，創直接經濟效益1740多萬元。目前，該系還承擔有國家自然基金、國家中醫藥管理局、省中藥現代化、省長基金、省科技廳等58項課題。
中藥學（含中藥方向、營銷方向、分析方向、涉外方向、苗藥方向）、藥物制劑、制藥工程等專業設于該系。
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