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水產學院的辦學歷史可追溯到創辦于 1935 年的廣東省立高級水產職業學校，原校址在汕頭市?？谷諔馉幈l后輾轉遷徙，1945 年9月抗戰勝利后遷至汕尾，改名為廣東省立汕尾高級水產職業學校。解放后的 1950 年 4 月，改名為“廣東省高級水產技術學校”。 1953 年 7 月，廣東?？诟呒夀r校水產科及廣西欽州農校水產科并入，改名為廣東省水產學校。1955 年初，學校從汕尾遷往江門北街原粵中區黨委舊址。 1959 年春，因地市調整需要，學校遷往唐家灣（現屬珠海市）。 1960 年 6 月，經教育部和廣東省人民政府批準，暨南大學水產系和廣東水產學校合并成立廣東省水產?？茖W校。 1962 年夏，遵照廣東省人民政府指示，學校從唐家灣遷往湛江市霞山區海頭嶺。華南工學院湛江分院撤消后并入廣東水產專科學校。 1963 年改由中央水產部領導，易名為湛江水產專科學校。 1979 年 9 月 13 日 ，國務院批準湛江水產?？茖W校升格為學院，由國家水產總局和廣東省雙重領導，以國家水產總局為主，面向中南、西南兼顧全國招生。 1981 年 1 月，國務院學位委員會批準湛江水產學院為首批授予學士學位的院校。 1997 年 1 月，湛江水產學院與湛江農業專科學校實行實質性合并，成立湛江海洋大學， 2005 年 5 月，經國家教育部批準，學校更名為廣東海洋大學，水產學院是學校的第一批二級學院之一。
簡紀常教授為現任院長，蘇永華同志為黨委書記。學院下設水產養殖系、海洋漁業系、海洋生物系、環境科學系、海洋生物研究所、珍珠研究所等教學和科研單位。廣東省水產經濟動物病原生物學及流行病學重點實驗室為省級重點實驗室，水產經濟動物病害控制實驗室是省教育廳重點實驗室。學院現有水產養殖、漁業資源、海洋生物等3個碩士學位授予專業和1個農業推廣碩士專業（漁業領域）以及水產養殖學、海洋漁業科學與技術、海洋科學、生物工程、海洋技術和大氣科學等6個本科專業，其中水產養殖學為省級重點學科，水產養殖專業是廣東省高校本科名牌專業。目前，在校碩士研究生 141 人，農業推廣碩士 51 人，博士研究生 5 人，現有在校本科生 1055 人（其中越南留學生8人）。
學院現有教職工102 人，其中專任教師 79 人，教授 15 人，副教授（副研究員、高工） 35 人， 其中博士生導師 4 人，碩士生導師 50人，博士學位 23 人，碩士學位 49 人。省 “ 千、百、十 ” 工程省級培養對象 2 人，校級培養對象 4 人，校級重點培養教師 5 人。吳灶和教授為中科院南海海洋研究所海洋生物專業博士生導師，劉楚吾教授為湖南師范大學發育生物學專業博士生導師,簡紀常教授為汕頭大學海洋生物專業博士生導師,譚北平教授為中國海洋大學水產養殖專業博士生導師。學院還聘請劉建康、沈韞芬、劉瑞玉、林浩然、張福綏、趙法箴等6位院士及日本東京水產大學須山三千三教授為名譽教授，聘請美國南佛羅里達州水資源管理局高級環境科學研究員古濱河、美國威斯康星大學醫學院助理教授鄭晶、美國 Nanogen Inc. 高級研究員姚祖旭、美國阿拉斯加洲漁獵部高級生物統計學家鄭杰等 4 位美籍專家為客座教授，聘請“長江學者”麥康森博士為兼職教授。水產養殖系已故著名科學家熊大仁教授是我國珍珠養殖的奠基人之一。
學院堅持以教學科研為中心，教育、教學改革研究取得重要進展。“水產養殖本科人才培養方案及教學內容、課程體系改革的研究與實踐” 教學研究項目獲廣東省教學成果一等獎，“海產經濟動物增養殖學課程建設與改革” 獲廣東省教學成果二等獎，“水產養殖專業實驗實習教學創新體系的建立與實踐” 獲省教育廳教學成果二等獎。《海產經濟動物增養殖學》、《淡水經濟動物增養殖學》、《魚病學》等 3 門課 程是省級重點課程。 學院始終堅持走產、學、研相結合的道路，建有一批教學、科研、生產三結合的實習基地。并積極為地方經濟服務，魚蝦貝藻增養殖、網箱養殖、水產經濟動物病害防治、珍珠養殖技術等一大批科技成果得到推廣應用，取得了巨大的經濟效益和社會效益。高位池養蝦技術、南方幾種海水名貴魚類的種苗生產及養殖技術、沉箱養鮑技術為國內首創。2003 — 2006 年的科研經費 1600 萬余元，獲得資助項目的級別得到了顯著的提高，項目涵蓋了國家自然基金、國家 863 計劃項目、教育部重點項目，省自然基金及地方政府各級科技計劃項目大幅度增加，并積極加強與企業合作。近 5 年來，獲得省、市級科技進步獎 22 項 、 發明專利 3 項，在各類專業刊物上發表了較高水平、學術影響較大的科研學術論文 300 多篇，其中被三大索引收錄的 14 篇，出版學術專著 20 部，教材 9 部。
學院十分注重科技合作和學術交流，先后同東京水產大學、臺灣海洋大學、中國海洋大學等院校建立了學術交流與合作關系，與中水遠洋漁業責任有限公司簽訂了協議，每年外派海洋漁業科學與技術專業畢業生出國工作，與新加坡 Swee Chion Aquaculture Holding Pte. Ltd 公司也簽訂了協議，從 2005 年始，水產養殖專業外派學生到新加坡實習。
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