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本碩士點設在水產學院，授予理學碩士學位。
海洋生物學學科點于2006年獲碩士學位授予權，是校級重點學科。本學科以熱帶、亞熱帶海洋生物為主要研究對象，針對國民經濟、社會發展面臨的重大海洋水產科技問題開展創新性研究。設有海洋經濟動物發育生物學、海洋環境與生物資源保護等研究方向。本學科點依托廣東水省現代生物化學重點實驗室和廣東海洋大學海洋資源與環境監測中心，有較為先進的實驗設備。有一支穩定高素質的導師隊伍，現有教授11名，副教授7名，其中有博士12名，還有3名教授是博士生導師。近年來承擔了"863"、國家自然科學基金、農業部重大科技專項、教育部及廣東省基金等重點項目，獲得廣東省科學技術一等獎1項、三等獎2項。
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